Yayasan Penyu Indonesia bekerja sama dengan dua NGO utama, yaitu:
1. Turtle Foundation
Turtle Foundation didirikan oleh sekelompok kecil individu pribadi yang berdedikasi dengan tujuan bersama untuk mencegah penyu yang terancam punah tidak punah. Turtle Foundation adalah organisasi amal internasional. Turtle Foundation terdiri dari para sukarelawan yang berdedikasi dan saat ini mengoperasikan proyek perlindungan penting kami sendiri di Cape Verde dan di Indonesia
Untuk informasi yang lebih lengkap dapat mengunjungi ke www.turtle-foundation.org
2. Protection of Forest and Fauna (PROFAUNA)
Adalah organisasi independen non profit berjaringan internasional yang bergerak dibidang perlindungan hutan dan satwa liar. PROFAUNA Indonesia pada awalnya didirikan pada tahun 1994 di kota Malang, Jawa Timur Indonesia, dengan nama Konservasi Satwa Bagi Kehidupan yang kemudian berkembang di seluruh Indonesia dan luar negeri.
Bidang kegiatan utama PROFAUNA adalah kampanye/advokasi, pendidikan, perlindungan satwa liar, perlindungan hutan dan pendampingan masyarakat lokal. Kegiatan PROFAUNA bersifat non politis, non profit dan non kekerasan
Lebih lengkap tentang PROFAUNA dapat dikunjungi di www.profauna.net
Selain itu Yayasan Penyu Indonesia juga bekerja sama secara erat dengan:
